帝都金陵封城之后，眾多的百姓心中恐慌開始沖擊城門，在與官兵的沖撞之中險些引起嚴重的民變。荀白水(畢彥君 飾)連忙登上高臺，高聲對百姓勸道，雖然京城內瘟疫橫行，然而當今太子還尚在東宮，長林王世子和他這個內閣的首輔也全家都留在城內，金陵作為帝都，絕對會得到上天的垂憐，希望百姓能安心等待，相信朝廷的處理措施。

一番激昂的演說終于暫時壓住了民怨。然而金陵城里，瘟疫的情況卻是越來越嚴重。每天患病者不計其數。林奚(張慧雯 飾)向蕭平旌(劉昊然 飾)詳細講解了設立隔離區的必要性，并對內閣能有如此魄力，做出封城的決斷略有些欽佩。然而她自己的身體逐漸吃不消了，蕭平旌看在眼里，卻又知道他說什么，林奚也不會停下休息，直到林奚的身體越來越弱，終于透支昏迷了過去，其實她也早已感染瘟疫。

泰清宮中的死難者越來越多，就算京城可以保住，這太子要是出了問題，后果會更加嚴重。荀飛盞(張博 飾)不由得擔憂起荀白水來，荀白水比他更清楚后果，不過身為內閣首輔，朝堂的職責是必須放在前頭，他絕不能在此時擔憂膽怯。濮陽纓(郭京飛 飾)躲在城外的山洞之中，得知金陵封城的消息，大梁朝廷的動作比他想象的要快。他本以為朝廷內會相互推諉，不敢下決斷，不過這也是大梁朝廷能想到的唯一辦法。并稱當年長林軍也是這么對他們的，這次讓大梁也嘗嘗絕望的滋味。

林奚悠悠醒來，黎老堂主(王永泉 飾)為其把脈之后，蕭平旌連忙詢問病情，不過林奚此時更掛念的事吃了黎老堂主藥的病人的情況，黎老堂主告訴她，只有少數人不再咯血，卻依然都是高燒不退，并囑咐林奚現在還是少動思慮，好生歇著便是。林奚卻硬撐著求黎老堂主此時不宜求穩，她愿意為黎老堂主試藥。黎老堂主見瘟疫肆虐，終于決定兵行險招，下了一味猛藥，他的其他學生見了藥方，都覺得實在太過危險，但也只得照辦。

（林奚染病要為師父試藥）

荀白水因為疫情之事，累的夠嗆，在案幾上打起盹來。太醫叫醒了他，將他所要的當年夜秦的檔案找來給他。當年夜秦國災情最嚴重的夜凌城，幸存者不過三成，荀白水發現幸存之人多數都是幼童和少年，覺得很是詫異。太醫告訴他，當年十五歲以下的人很不容易得病，且也非常容易治療，但不知是何緣由。荀白水對太醫宣稱他只是為了疫情發展早做準備。但其實他所要尋找的正是濮陽纓的名字，他隱約間已經猜到了濮陽纓的真實來處以及他的真實目的。

黎老堂主用他的新藥在林奚身上做實驗，坦言如果第二天能退了燒，便可能會熬過此劫難。蕭平章(黃曉明 飾)提起林奚為何一直隱藏自己的身世。黎老堂主見蕭平章已經猜了出來，便坦言稱林奚就是那個和蕭平旌定有婚約的姑娘。原來，當年她們母女悄悄出走后，正是黎老堂主收留了她們。只是因為林深夫人整個人陷入了執念，受不得刺激，所以黎老堂主才沒有通報，而當林深夫人去世之后，林奚自己又不愿意再提舊約。蕭平章沉吟片刻，他只希望是上天垂憐蕭平旌和林奚自出生便有的緣分，即便是要斷，也不要斷在此時。

林奚自知她的生命此時存于一線之間，不由得留下兩行清淚，便向守在一旁的蕭平旌說出了心里話，她曾想過蕭平旌的樣子，并稱不管將來如何，她都很高興和蕭平旌相識。蕭平旌不知真相，只能安慰林奚不會有事的。他見林奚病情不愈，痛苦難忍，便在藥房中翻箱倒柜后找到一味藥材給林奚煮了點水喝。

（林奚病中露真情）

次日，黎老堂主為林奚號脈之后，一言不發，讓蕭平旌甚是擔憂。蕭平章卻聽聞荀白水曾到府上找他，便急忙來到內閣之中面見荀白水，荀白水將京兆尹李大人的供詞交給蕭平章，蕭平章見此事是濮陽纓策劃的，并不覺得意外。荀白水告訴他稱，故意在金陵城炮制一個與當年夜凌城幾乎一樣的疫情，卻不圖利益，不顧后果，唯一的解釋只能是復仇。他推斷，濮陽纓該是夜秦國的幸存后裔，所以才會向大梁復仇。但蕭平章卻提起京兆尹為何要幫濮陽纓，他又不是夜秦人。這正切中了要害，荀白水謊稱京兆尹李大人受了濮陽纓的重金賄賂。才釀此大禍。蕭平章自然不太相信荀白水的說辭，荀白水只得稱這些都是細枝末節，含糊過去。讓蕭平章好好照看帝都防務，并稱既然是復仇，濮陽纓肯定不會是一個人。

濮陽纓正躲在他的山洞里，但由于金陵城封鎖過快，他有兩名手下，無量和無病并沒有及時撤出。濮陽纓深深擔憂，因為他知道這兩個人曾經被蕭元啟(吳昊宸 飾)見過。此時的蕭元啟正在獨自調查瘟疫一事，他已然察覺到了水井的異樣，正在挨個探查，卻忽然見到了濮陽纓的兩名手下，便跟了上去，查出了兩人落腳之處。

黎老堂主調整了藥方之后，病人本有所好轉，卻不知為何又突然惡化致死。蕭平旌一聽此事，心中大驚，連忙奔去看望林奚。他一路飛也般沖進了林奚的房間，見林奚還安穩得躺在病床上。黎老堂主診脈后察覺，林奚的脈象和前廳的病人相比之下，不盡相同。

林奚的病情好轉明顯，這卻讓她和黎老堂主百思不得其解。蕭平旌趁機告訴兩人他曾經給林奚用一味藥材泡過水喝。黎老堂主見蕭平旌泡水之物，恍然大悟，之所以藥方先好轉后惡化，就是因為肺火未解，而蕭平旌誤打誤撞幫了大忙。